Τα κτίρια
Το ΜΚΤ στεγάζεται σε δύο ξεχωριστά κτίρια, τα οποία συνδέονται μεταξύ τους εσωτερικά: στο Κεντρικό Κτίριο βρίσκονται οι αίθουσες των μόνιμων συλλογών και η Νέα Πτέρυγα του μουσείου, ενώ στο Μέγαρο Σταθάτου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις.
Νέα Πτέρυγα
Δεξιά από την κεντρική είσοδο του κεντρικού κτιρίου, στην οδό Νεοφύτου Δούκα 4, ξεκινά η Νέα Πτέρυγα του ΜΚΤ, που εγκαινιάστηκε το 2005 προσφέροντας στο μουσείο επιπλέον 500 τ.μ. για τις πολύπλευρες δραστηριότητές του.
Η Νέα Πτέρυγα εξυπηρετεί πολλαπλούς σκοπούς: στεγάζει το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων και πολλές εκπαιδευτικές δραστηριότητες, χρησιμοποιείται για διαλέξεις, σεμινάρια και άλλες εκδηλώσεις, ενώ πολύ συχνά φιλοξενεί περιοδικές εκθέσεις.
Ο χώρος έχει διαμορφωθεί κατάλληλα σε πολλά ανεξάρτητα δωμάτια πλήρως εξοπλισμένα με σύγχρονα τεχνικά μέσα ώστε να μπορεί να χρησιμοποιείται για διαφορετικούς σκοπούς ανάλογα με τις περιστάσεις και τις ανάγκες του μουσείου.
Κεντρικό Κτίριο
Το Κεντρικό Κτίριο, στην οδό Νεοφύτου Δούκα 4, κατασκευάστηκε το 1985 από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Βικέλα για να στεγάσει τις μόνιμες συλλογές του ΜΚΤ.
Στην πρόσοψή του συνδυάζει το μάρμαρο και το γυαλί, αναπαράγοντας την αίσθηση της λιτότητας και της διάχυσης του ανακλώμενου φωτός, που κυριαρχεί στο κυκλαδικό τοπίο. Στο εσωτερικό δεσπόζουν οι απέριττες γραμμές και η μοντέρνα αισθητική, με υλικά που συναντά κανείς στις Κυκλάδες, όπως το μάρμαρο και ο γρανίτης.
Το κτίριο διαθέτει 4 ορόφους με εκθεσιακούς χώρους συνολικού εμβαδού 2.300 μ², αποθήκες, εργαστήρια και χώρους γραφείων.
Ήδη από το χώρο του ισογείου ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να μελετήσει επιτοίχια εισαγωγικά κείμενα που περιέχουν πληροφορίες για τον Κυκλαδικό πολιτισμό και την τέχνη του.
Στο ισόγειο βρίσκονται επίσης το Πωλητήριο και το Καφέ του Μουσείου. Από το Καφέ ένας διάδρομος οδηγεί στο Μέγαρο Σταθάτου.
Δε βρέθηκαν προσεχείς παραστάσεις.
